A FAS tem como cultura institucional a busca de eficiência, ética e transparência na gestão dos recursos financeiros.

A gestão de pagamentos é feita pela JBL. A prestação de contas da diretoria é auditada pela PricewaterhouseCoopers. Depois disso, é submetida ao Conselho Fiscal da FAS que, após analisá-la encaminha ao Conselho de Administração para avaliação.

Após a aprovação do Conselho de Administração a prestação de contas é encaminhada ao Ministério Público Estadual do Amazonas que a analisa diante da legislação vigente. O rigor deste processo reflete a visão de que a FAS é uma referência nacional e internacional para a gestão de recursos destinados a programas socioambientais em regiões tropicais.